ESD术主要用于治疗早期食管癌、胃癌、结直肠癌，暨浸润深度较浅、没有淋巴结转移或者说理论上出现淋巴结转移的风险足够低的肿瘤。从数据来看，ESD术对于绝对适应症的病例治疗效果较好。

早期食管癌的ESD绝对适应症：位于黏膜上皮层、黏膜固有层的黏膜内癌。

早期胃癌的ESD绝对适应症：直径小于2cm，无溃疡的分化型黏膜内癌。

早期结直肠癌的ESD绝对适应症：T1a的肿瘤性病变，暨黏膜层或黏膜下浅层的结直肠癌。

ESD可以进行确切的直视下黏膜下剥离，剥离的层次更精确，一次性切除的范围更大，完整切除的机会最高，也更加有利于术后组织病理学评价，更准确评价为根治性切除。